Introduction
La sixième édition du symposium sur la dimension environnementale de la résistance aux antibiotiques s'est tenue à Göteborg, en Suède, du jeudi 22 au 27 septembre après deux reports dus à la pandémie de coronavirus. Cet évènement fait partie d'une série de conférences qui sont probablement les plus grandes réunions scientifiques qui traitent du rôle de l'environnement dans la résistance aux antimicrobiens (RAM).
Le Centre de recherche sur la résistance aux antibiotiques (CARe) a organisé la conférence avec le parrainage de la ville de Göteborg, de l'Université de Göteborg, de la région de l'ouest de la Suède et de l'Initiative de programmation conjointe sur la résistance aux antimicrobiens (JPIAMR). Le professeur Joakim Larsson a présidé l'événement hybride avec plus de 50 participants en ligne et 250 participants physiques de 41 pays. Nous y étions.
Ci-dessous quelques-unes des présentations intéressantes faites :
La première journée a commencée par un discours d'ouverture intitulé "Trouvailles intéressantes du data-mining de microbiome" par le professeur Kim Lewis, directeur du centre de découverte des antimicrobiens à la Northeastern University. Il fait partit de ces scientifiques qui montrent que l'environnement est source de bio-innovation pour identifier de nouveaux antibiotiques. Sa célèbre découverte de la teixobactine n'a été possible que parce que lui et son équipe ont découvert comment cultiver des bactéries environnementales, ce qui n'était pas possible auparavant et a longtemps limité notre capacité à comprendre le rôle de l'environnement dans le développement de la résistance aux antimicrobiens.
Son discours a couvert l'histoire de la découverte d'antibiotiques et comment la probabilité de découverte a diminué avec le temps - les approches technologiques avancées fonctionnent mieux pour les thérapies contre le cancer et les maladies cardiaques, mais pas les antibiotiques. Pour l'étude, ils ont décidé d'explorer des bactéries non cultivées dans l'environnement et ont appris à les cultiver. Leur stratégie a été de créer une annonce sur Craigslist proposant de payer les gens pour qu'ils envoient un échantillon de sol de leur arrière-cour. Ils ont réalisé qu'il y avait encore beaucoup de composés aux propriétés antimicrobiennes à découvrir.
Après le discours d'ouverture, nous avons reçu un mot de bienvenue de l'adjoint au maire, Pär Gustafsson, et de la présidente du conseil régional, Annika Tärnström.
Nous avons ensuite écouté une présentation numérique d'Andrea Hinwood, scientifique en chef du Programme des Nations Unies pour l'environnement (PNUE) qui nous a rejoint depuis Nairobi, au Kenya. Elle a partagé un rapport d'étape sur la résistance aux antimicrobiens du Programme des Nations Unies pour l'environnement après que la dimension environnementale de la résistance aux antimicrobiens ait été reconnue comme un problème préoccupant dans le rapport Frontières 2017 du PNUE. Le PNUE s'emploie à fournir des preuves scientifiques qui peuvent éclairer les stratégies sur la résistance aux antimicrobiens, en veillant à ce que les dimensions environnementales soient reflétées de manière adéquate dans la réponse à la résistance aux antimicrobiens (selon la stratégie One Health). Elle a souligné le travail en cours pour sensibiliser aux polluants pharmaceutiques persistants dans l'environnement (EPPP); le besoin de systèmes alimentaires durables; les pesticides, la gestion des déchets et des eaux usées, qui forment un lien avec la résistance aux antimicrobiens. Le PNUE éduque les gens sur la résistance aux antimicrobiens - en ciblant spécifiquement les décideurs politiques et les praticiens de l'environnement, en soutenant le gouvernement indien dans le nouveau plan d'action national sur la préparation de la résistance aux antimicrobiens et en créant une base de données d'experts dans différentes régions. Le PNUE est en partenariat avec l'Organisation mondiale de la santé (OMS), l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) afin de former une collaboration quadripartite pour une réponse sanitaire unique à la résistance aux antimicrobiens. Cette collaboration s'inscrit dans le cadre d'un plan d'action conjoint One Health qui comprend :
Renforcement des capacités pour renforcer les systèmes de santé
Réduire le risque d'épidémies et de pandémies zoonotiques émergentes et ré-émergentes
Contrôler et éliminer les zoonoses endémiques, les maladies tropicales négligées et à transmission vectorielle
Renforcer l'évaluation, la gestion et la communication des risques en matière de sécurité sanitaire des aliments
Freiner la pandémie silencieuse de RAM
Intégrer l'environnement dans une seule santé
Enfin, elle a parlé d'un rapport phare sur les dimensions environnementales de la résistance aux antimicrobiens qui devrait être publié prochainement. Certaines actions identifiées pour réduire le risque de résistance aux antimicrobiens comprennent l'évaluation, la réglementation, l'action et les partenariats de l'industrie, la planification, la surveillance, le financement et les systèmes de collecte et de gestion des antimicrobiens inutilisés.
2ème jour
Vendredi, Connor Brown, un candidat Ph.D. de Virginia Tech aux États-Unis (Labo Amy Pruden?), a fait une présentation intitulée Development And Application Of MobileOG-db, A Unified MGE Database And Ontology, For Tracing The Fate Of MGE-borne ARGs In Hospital Sewage.
Il s'agissait de l'application MobilOG-db, une nouvelle ressource et des outils potentiels à venir centrés sur le transfert horizontal de gènes, les microbiomes environnementaux et les éléments génétiques mobiles (MGE) qui interviennent dans le transfert horizontal de gènes. Ils ont créé mobileOG-db, une base de données unifiée pour les MGE, en raison de la difficulté à travailler avec les MGE de manière très raffinée. Vous pouvez essayer de créer votre base de données à partir de bases de données accessibles au public, mais vous obtiendrez probablement des faux positifs car ceux-ci ont tendance à inclure des gènes de résistance aux antibiotiques et à quel point la biologie est désordonnée. MobilOG-db comprend plus de 6000 familles de protéines sélectionnées manuellement en tant que marques MGE ; il conserve les étiquettes de base de données d'origine qui nous permettent de rechercher les MGE simultanément. L'application permet également de rechercher des gènes de résistance aux antibiotiques associés aux différents types de MGE. Connor et ses collègues chercheront à intégrer l'application dans des outils de détection du transfert horizontal de gènes.
3ème jour
Le lendemain, nous avons eu une présentation du professeur Celia Manaia de l'Universidade Católica Portuguesa ; présentation intitulée "Aborder les émissions de résistance aux antibiotiques dans le contexte du traitement des eaux usées urbaines". Elle a partagé des faits préoccupants : plus de 45% de la population mondiale n'est pas connectée au traitement des eaux usées, et 10% consomment des produits irrigués par les eaux usées, la majorité de ces personnes se trouvent dans les pays en développement.
Au cours de la recherche, elle a analysé 195 usines de traitement des eaux usées dans différents pays et a découvert que la technologie de filtration membranaire était la plus efficace mais pas la plus populaire. Elle a également déclaré qu'avec les connaissances actuelles, il est impossible d'établir des normes de limite de résistance aux antibiotiques, mais peut recommander un pourcentage de réduction minimum - éventuellement 1,5 à 2,0 unités logarithmiques de l'indicateur. L'espèce indicatrice la plus courante dans le traitement des eaux usées est Escherichia coli mais contrairement à la résistance aux antimicrobiens, on ne la trouve pas partout : nous pourrions donc utiliser des gènes de résistance aux antimicrobiens comme l'intégron Int1 comme indicateur. Elle a recommandé l'utilisation de la qPCR de préférence à la métagénomique car elle peut cibler des gènes spécifiques et faciliter la surveillance intégrée et le partage des données. Les bactéries résistantes aux antibiotiques ne sont pas les seuls polluants dans les eaux usées ; cela rend leur suppression un problème complexe. La désinfection des biosolides reste un défi dont témoignent les coûts élevés et les faibles rendements.
Nous avons également eu une présentation intitulée - "Leviers politiques pour aborder les dimensions environnementales de la résistance aux antimicrobiens" par le professeur Sabiha Essack, membre de AMR TDT, et titulaire d'une chaire de recherche sur la résistance aux antibiotiques et sur la santé à l'Université du Kwazulu-Natal en Afrique du Sud. Sa présentation portait sur les leviers politiques pour aborder les dimensions environnementales de la résistance aux antimicrobiens. Elle a expliqué comment l'Inde est devenue le premier pays au monde à introduire une réglementation sur la pollution par les antibiotiques pharmaceutiques. La politique a échoué en raison du lobbying de l'association indienne des fabricants de médicaments, malgré le fait que le ministère de l'environnement, des forêts et du changement climatique de l'Union a déclaré que cela était dû à des recherches limitées. Ces règlements couvraient la plupart des recommandations faites par le PNUE.
Parmi les leviers politiques qu'elle a mis en évidence figurent le pouvoir d'achat, l'action des investisseurs, la transparence, le plaidoyer des organisations non gouvernementales, l'exploitation d'autres problèmes apparentés à la résistance aux antimicrobiens tels que le changement climatique, le changement de comportement et la recherche sur la mise en œuvre. Nous savons quoi faire, mais nous devons opérer un changement de comportement dans notre approche grâce à la science de la mise en œuvre qui examine la structure, la culture, les réseaux et la volonté de changement au sein de l'organisation de mise en œuvre. Le succès de la politique dépend de ; appropriation par les parties prenantes, capacité d'application, mesures punitives de fond en cas de non-conformité, compromis, alignement sur d'autres problèmes mondiaux, changement de comportement et approche de recherche sur la mise en œuvre.
Les commentaires de Joakim Larsson sur cette présentation concordaient avec ce que nous savons déjà : que les limites de pollution par les antibiotiques fixées par l'alliance antimicrobienne n'étaient pas approuvées par la science, manquaient de transparence et avaient été établies par l'industrie pharmaceutique elle-même. Les estimations faites dans le rapport de la Wellcome Trust, qui analysait l'impact économique de la réglementation de la pollution antibiotique sur les industries pharmaceutiques, sont basées sur des entretiens avec l'industrie qui surestime généralement les coûts face à la réglementation.
4ème jour
Le quatrième jour, Luther King Abia Akebe de l'unité antimicrobienne de l'université de Kwazulu-Natal, Afrique du Sud, a fait une présentation intitulée The afterlife resistome: Cemeteries as potential reservoirs and sources of multidrug-resistant pathogenic bacteria. Il a parlé de la façon dont les gens en Afrique, en particulier dans sa localité, ont une grande estime pour leurs ancêtres et étaient donc mécontents qu'il dérange les cimetières. Il a également souligné que seuls les paramètres conventionnels, tels que les eaux usées, sont actuellement pris en compte lors de l'étude des dimensions environnementales de la RAM, et que des problèmes tels que la RAM aéroportée restent un élément pertinent mais reçoivent beaucoup moins d'attention.
Dans son étude, il a effectué une analyse du sol et de l'eau à l'aide d'échantillons de sol et de lixiviat prélevés dans différents cimetières et une analyse de la survie microbienne en reproduisant les conditions des cimetières ; ça a duré six mois. Il a examiné des échantillons de lixiviat pour la résistance aux antimicrobiens et les pathotypes et a constaté que E. coli et la majorité des microbes étaient pathogènes, avec 72 % des isolats multirésistants ; ont constaté que les échantillons de sol de 2 m ont une biodiversité inférieure à celle des échantillons prélevés à des profondeurs inférieures. Il a noté que les conditions hydrogéologiques d'une zone devraient être prises en compte lors du choix d'un site d'étude. En conclusion, Akebe et ses collègues ont découvert que les cimetières sont des réservoirs environnementaux potentiels de bactéries résistantes aux antimicrobiens.
5ème jour
Le cinquième jour, Amy Pruden de Virginia Tech, États-Unis, a fait une présentation intitulée Coordonner la surveillance locale et mondiale de la résistance aux eaux usées basée sur les eaux usées : réflexions et considérations. Amy et ses collègues sont des pionniers de surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans les milieux urbains (égouts, stations). Ils ont soumis une proposition de surveillance des eaux urbaines en 2019; une stratégie qui a d'ailleurs été appliquée pour le coronavirus. Parallèlement, ils en ont profité pour mettre en évidence son utilisation dans la surveillance de la RAM. Il est devenu évident qu'il n'y avait pas qu'un seul objectif de ce qui pouvait être monitoré. Ils se sont donc concentré sur quatre objectifs :
Surveillance des ARB et ARG circulant dans la population humaine
Quantification de l'efficacité d'élimination des ARB et ARG
Quantifier les ARB et les ARG qui résistent aux traitements
Bilan de l'évaluation des nouveaux pathogènes résistants et des ARG mobiles
Comme méthode : ils ont sélectionné le séquençage métagénomique shot-Gun car cette approche ne cible pas. En revanche elle nécessite un haut niveau d'expertise et a des coûts élevés.
Il est nécessaire de partager les données de surveillance de différentes zones ; cela inclut les données temporelles, la température, la latitude et la longitude. L'intervenante a souligné les avantages de la surveillance dans les but d'identifier les points chauds de l'évolution et de la propagation de la RAM, d'évaluer les traitements et les interventions qui atténuent le plus efficacement la propagation de la RAM et de pouvoir proposer une évaluation des risques.
Elle a fait une note spéciale sur le risque - le terme utilisé de manière vague et pourtant il existe une différence fondamentale entre l'évaluation quantitative du risque microbien et le risque évolutif...
L'équipe d'AMR Think-Do-Tank a contribué sous la forme de présentation ou de poster. Voici les abstracts :
Mme Natukunda Michelle
Titre : La résistance aux antimicrobiens comme précurseur de la perte de diversité microbienne dans les usines de traitement des eaux usées.
Résumé : La diversité microbienne, en particulier, est essentielle au fonctionnement de tous les autres organismes de l'écosystème. À mesure que les zones urbaines s'étendent, la production d'eaux usées augmente et sa composition devient plus complexe. Les processus de traitement des eaux usées tels que les boues activées utilisent des microbes pour décomposer la matière organique et peuvent avoir un écosystème microbien avec une grande diversité. Les usines de traitement des eaux usées sont une infrastructure nécessaire, mais un traitement et une élimination inadéquats des eaux usées sont des voies importantes de propagation de la résistance aux antimicrobiens dans l'environnement.
Cette revue a étudié comment différentes technologies de traitement des eaux usées - à savoir : la microfiltration, le bioréacteur à membrane, la chloration, les zones humides artificielles, le biofilm, les boues activées et la filtration sur sable, agissent comme un facteur de stress pour la sélection de microbes résistants, les bactéries en particulier. Les données proviennent d'articles de journaux de diverses études sur les usines de traitement des eaux usées publiés entre 2017 et 2022.
Les résultats montrent comment la technologie de traitement conventionnelle comme les boues activées élimine la majorité des bactéries sensibles mais a peu d'effet sur les microbes résistants ; cela leur laisse la possibilité de prospérer dans les effluents traités et de se multiplier dans l'environnement. Traditionnellement conçues pour éliminer les coliformes totaux, les stations d'épuration conventionnelles ne sont pas adaptées à l'élimination des bactéries résistantes aux antimicrobiens/antibiotiques. Les microbes résistants ont évolué davantage pour survivre aux processus de traitement. Dans l'ensemble, cette étude met en évidence le besoin d'une technologie avancée de traitement des eaux usées, telle que la microfiltration, capable d'éliminer les microbes résistants et d'empêcher ainsi leur prolifération dans l'environnement.
Dr Jane Kengeya-Kayondo et Dr. Arno Germond
Titre : Recherche sur la mise en œuvre - Combler l'écart « savoir-faire » dans la résistance aux antimicrobiens liée à l'environnement
Résumé : La plupart des organismes résistants aux antimicrobiens (RAM) proviennent de l'environnement. Nous souhaitons apporter une attention toute particulière aux systèmes de ventilation négligés, au vent, aux cours d'eau, au sol, au déversement de pesticides et d'ordures, au déversement de déchets des industries pharmaceutiques, des effluents d'élevage, et aux eaux municipales mal traitées, y compris d'origine hospitalière.
L'AMR Think-Do-Tank Geneva International se concentre sur le plaidoyer et l'action pour l'atténuation, le contrôle et la surveillance de la RAM dans l'environnement, y compris la recherche sur la mise en œuvre (Recherche d'implémentation) sur les interventions nouvelles ou améliorées, les stratégies de mise en œuvre, les politiques, le dialogue intersectoriel et les approches d'engagement. La recherche d'implémentation (RI) utilise des méthodologies scientifiquement solides pour produire des preuves concrètes pour l'établissement des priorités, l'action de santé publique et les décisions politiques et réglementaires.
Le Think Tank est en train de constituer un groupe d'intérêt multisectoriel sur les RI dont la première responsabilité est de définir un programme d'actions pour la RAM et l'environnement. Ce programme constituera la base des projets financés par voie de concours. Une communauté de pratique fournira un soutien et un mentorat à ces projets. Les projets seront intégrés aux programmes nationaux sur la résistance aux antimicrobiens, et le renforcement des capacités des équipes de recherche, des responsables de la mise en œuvre et des décideurs fera partie intégrante des projets.
Table ronde finale
Cette session interactive a été animée par Joakim Larsson avec un panel d'experts à savoir; Sophie Gay, Will Gaze, Ed Topp, Sabiha Essack, Heike Schmitt, Christain Munthe et Frank Aarestrup. Les participants ont participé suivant un format de questions-réponses. Les questions, réponses et points de discussion couverts seront inclus dans un rapport produit par l'Initiative de programmation conjointe sur la résistance aux antimicrobiens (JPIAMR).
Quelles sont les lacunes dans les connaissances liées aux dimensions environnementales de la RAM et de la surveillance ?
Quels sont les niveaux "normaux" de RAM dans l'environnement
Standardiser la définition de la surveillance
Surveillance pour les environnements à faibles ressources
Comment d'autres polluants, à l'exception des antibiotiques, affectent la RAM
Pourquoi n'avons-nous pas de surveillance mondiale de la RAM ?
L'un des freins à la mise en place d'action concrète a été discuté: un manque de responsabilités et le fait que les diverses institutions tendent à couvrir son segment sans interaction avec les autres. Mais maintenant que quatre institutions (UNEP, FAO, WHO, et OMS) ont fondé une alliance quadripartite pour une action commune, il est souhaitable qu'une action coordonnée puisse être rapidement développée.
Nous devons comprendre ce qui constitue la surveillance environnementale, par exemple, la surveillance des affluents d'eaux usées peut être considérée comme un aspect de la surveillance par certains organismes, qui concluent alors qu'ils effectuent une surveillance environnementale, mais est-ce le cas ? Il est préférable de commencer avec ce que nous avons, mais le microbiome est différent dans chaque région. Par conséquent, certains gènes cibles peuvent bien fonctionner dans une zone mais pas de manière optimale dans une autre. Nous devons développer des méthodes de surveillance bon marché et facilement transférables.
2. Quelles sont les principales lacunes dans les connaissances sur les dimensions environnementales de la résistance aux antimicrobiens et sur la transmission et l'évolution ?
Quels sont les environnements importants pour l'évolution de la RAM ?
L'échelle à laquelle la RAM se produit
Notre compréhension de la façon dont la concentration d'antibiotiques affecte le développement de la résistance pourrait être bouleversée à l'avenir car nous devons encore comprendre comment les synergies de différentes combinaisons de produits chimiques affectent l'évolution de la RAM.
Il est nécessaire de développer des modèles robustes pour prédire les tendances, en particulier dans les cas où il n'est pas possible/réalisable de collecter des échantillons en continu.
3. Lacunes dans les connaissances liées aux dimensions environnementales de la résistance aux antimicrobiens et aux thérapeutiques
Un modèle économique pour prévenir la décharge de drogue
Possibilité de Phage thérapeutique
Nous savons peu de choses sur les incitations qui motiveraient les industries à améliorer leurs pratiques de production d'antibiotiques sans qu'elles choisissent plutôt de passer à d'autres produits.
Besoin de cultures plus résistantes même s'il s'agit d'OGM si bien que le besoin en fongicides est limité.
4. Lacunes dans les connaissances liées aux dimensions environnementales de la résistance aux antimicrobiens et aux diagnostics
Un moyen plus rapide de dépister la résistance aux médicaments
Possibilité de diagnostic de la RAM dans les cultures
5. Lacunes dans les connaissances liées aux dimensions environnementales de la résistance aux antimicrobiens et à la prévention et aux interventions
Méthodes d'élimination des ARG des eaux usées
Nous devons améliorer les méthodes de recherche sur la mise en œuvre car les solutions développées pour fonctionner dans les milieux à revenu élevé ne fonctionnent pas nécessairement dans les milieux à faible revenu.
Leçons apprises
Les approches de contrôle des gènes de résistance aux antimicrobiens devraient fonctionner simultanément avec l'élimination d'autres polluants, tels que la DCO - demande chimique en oxygène.
La Chine a arrêté l'utilisation de la colistine dans l'alimentation animale en 2016, ce qui a réduit la prévalence de la résistance à la colistine et a désormais interdit l'utilisation de tous les antibiotiques destinés à l'alimentation animale.
Les antidépresseurs peuvent améliorer le transfert de gènes dans les bactéries intestinales.
Les facteurs socio-économiques sont plus influents dans le développement de la résistance aux antimicrobiens que l'utilisation d'antibiotiques.
Les travailleurs des usines de traitement des eaux usées sont plus en sécurité que prévu et ne sont pas constamment exposés aux agents de résistance aux antimicrobiens.
Même dans de bonnes conditions de qualité de l'eau, les gens continuent d'ingérer des gènes de résistance aux antimicrobiens lors d'activités récréatives et de baignades.
La nomenclature doit être abordée.
EDAR 7, Montréal
La série de conférences se poursuivra en 2024 et sera de retour au Canada, là où elle a commencée. EDAR 7 aura lieu à Montréal, au Canada, et sera hébergé par l'Université McGill. La conférence se poursuivra avec l'agenda ONE HEALTH ; briser les silos disciplinaires et se connecter avec les partenaires de la santé publique, des sciences sociales et de l'industrie. Il couvrira les questions suivantes ;
Aspects scientifiques fondamentaux de l'écologie et de la biologie de la RAM dans l'environnement
Intégration des eaux usées et de la surveillance environnementale
Expériences pour atténuer la RAM environnementale
Traductions de la science des risques en recommandations politiques
Dimensions comportementales et économiques du changement de politique
Développement de la RAM chez les pathogènes fongiques, parasitaires et viraux
Un grand merci à toutes les personnes présentes à cette conférence sur place et en ligne !
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Le Think-Do-Tank recherche spécifiquement des bénévoles pour son travail de communication, et des experts dans les domaines suivants :
1. Environnements de soins de santé - leur contamination contribue de manière importante aux infections nosocomiales multirésistantes.
2. Eaux usées - eaux usées générées par les habitations domestiques.
3. Usines de traitement des eaux usées - Eaux usées provenant de sources non résidentielles et industrielles
4. Transmission aérienne.
Article by Natukunda Michelle
Edité, travail de traduction par Arno Germond.
Octobre 14, 2022